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Nukleotidsequenz

Die Nukleotidsequenz ist die Abfolge der Nukleotide einer Nukleinsäure, üblicherweise Desoxyribonukleinsäure (DNS, englischDNA) oder Ribonukleinsäure (RNS, englischRNA). Deren verschiedene Grundbausteine (Desoxyribonukleotide bzw. Ribonukleotide) sind gewöhnlich unverzweigt im Polymer verkettet und enthalten unterschiedliche Nukleinbasen. Die Sequenz seiner Nukleotide gibt die Primärstruktur eines Polynukleotides wieder und wird für DNA- oder RNA-Einzelstränge jeweils angegeben durch die Abfolge ihrer Nukleinbasen, die Basensequenz.

Ausschnitt aus dem Chromatogramm einer automatischen DNA-Sequenzierung.

Bei der Notation werden für die Nukleinbasen der Nukleotide die Anfangsbuchstaben ihrer Bezeichnungen verwendet: für Adenin A, Guanin G, Thymin T, Uracil U und Cytosin C. Bei der DNA kommen die vier Basen Adenin, Guanin, Thymin und Cytosin vor, bei der RNA die vier Basen Adenin, Guanin, Uracil und Cytosin.

Übereinkunftsgemäß wird die Basensequenz vom 5′-Ende zum 3′-Ende des Stranges notiert, in der gleichen Richtung 5′→3′, in der die Polymerase die Nukleinsäure aus Nukleotiden synthetisiert.

Inhaltsverzeichnis

Die Nukleotidsequenz einer DNA wird durch DNA-Sequenzierung ermittelt. Basensequenzen von DNA werden unter anderem in großen öffentlichen Sequenzdatenbanken wie z. B. GenBank gespeichert. RNA wird nicht direkt sequenziert. Stattdessen wird sie mittels Reverser Transkriptase in eine DNA (cDNA) kopiert, die dann sequenziert wird.

Dargestellt als Symbolfolge lassen sich Basensequenzen von DNA oder RNA gut untersuchen. Statistische Untersuchungen können beispielsweise die Häufigkeit sogenannter n-Tupel in der Sequenz vergleichen, also das Vorkommen von Teilfolgen der Länge n. So taucht im menschlichen Genom zum Beispiel die FolgeCG bzw. das Tupel (C,G) insgesamt deutlich seltener als eines der anderen fünfzehn 2-Tupel auf (CG-Suppression). Lokale und regionale Häufigkeitsverteilungen verschiedener Nukleotidfolgen können auch erste Hinweise auf eventuelle Funktionen bestimmter DNA-Abschnitte geben. So wird beiCG beispielsweise nach Häufungen der CpG-Dinukleotide im DNA-Strang gesucht, den sogenannten CpG-Inseln, und deren Methylierungsmuster untersucht. In diesem Fall wird ein aus zwei Basen geformtes Sequenzmotiv gesucht.

Nach Drei-Basen-Sequenzmotiven wird gesucht, wenn mögliche Startcodons oder Stopcodons dargestellt werden sollen. Beispiele für etwas längere Sequenzen sind die möglichen Bindungsstellen für Ribosomen, wie die Shine-Dalgarno-Sequenz bei prokaryoten oder die Kozak-Sequenz bei eukaryoten Lebewesen. Bestimmte Nukleotidsequenzen spielen auch für den Terminator der Transkription eine wichtige Rolle, wie ebenso für den Startpunkt, an dem eine RNA-Polymerase mit der Transkription beginnt, beispielsweise in der Promotorregion eines Gens die TATA-Box.

Commons: Nukleotidsequenz – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien
  1. D. A. Benson, K. Clark, I. Karsch-Mizrachi, D. J. Lipman, J. Ostell, E. W. Sayers: GenBank. In: Nucleic acids research. Band 43, Januar 2015, S. D30–D35, doi:10.1093/nar/gku1216. , (freier Volltext).
  2. F. Ozsolak, P. M. Milos: RNA sequencing: advances, challenges and opportunities. In: Nature Reviews. Genetics.Band12,Nr.2, Februar 2011,S.87–98, doi:, , (freier Volltext).

Nukleotidsequenz
nukleotidsequenz, abfolge, nukleotide, einer, nukleinsäure, sprache, beobachten, bearbeiten, abfolge, nukleotide, einer, nukleinsäure, üblicherweise, desoxyribonukleinsäure, englisch, oder, ribonukleinsäure, englisch, deren, verschiedene, grundbausteine, desox. Nukleotidsequenz Abfolge der Nukleotide einer Nukleinsaure Sprache Beobachten Bearbeiten Die Nukleotidsequenz ist die Abfolge der Nukleotide einer Nukleinsaure ublicherweise Desoxyribonukleinsaure DNS englisch DNA oder Ribonukleinsaure RNS englisch RNA Deren verschiedene Grundbausteine Desoxyribonukleotide bzw Ribonukleotide sind gewohnlich unverzweigt im Polymer verkettet und enthalten unterschiedliche Nukleinbasen Die Sequenz seiner Nukleotide gibt die Primarstruktur eines Polynukleotides wieder und wird fur DNA oder RNA Einzelstrange jeweils angegeben durch die Abfolge ihrer Nukleinbasen die Basensequenz Ausschnitt aus dem Chromatogramm einer automatischen DNA Sequenzierung Bei der Notation werden fur die Nukleinbasen der Nukleotide die Anfangsbuchstaben ihrer Bezeichnungen verwendet fur Adenin A Guanin G Thymin T Uracil U und Cytosin C Bei der DNA kommen die vier Basen Adenin Guanin Thymin und Cytosin vor bei der RNA die vier Basen Adenin Guanin Uracil und Cytosin Ubereinkunftsgemass wird die Basensequenz vom 5 Ende zum 3 Ende des Stranges notiert in der gleichen Richtung 5 3 in der die Polymerase die Nukleinsaure aus Nukleotiden synthetisiert Inhaltsverzeichnis 1 Bestimmung 2 Statistische Analyse 3 Siehe auch 4 Weblinks 5 EinzelnachweiseBestimmung BearbeitenDie Nukleotidsequenz einer DNA wird durch DNA Sequenzierung ermittelt Basensequenzen von DNA werden unter anderem in grossen offentlichen Sequenzdatenbanken wie z B GenBank gespeichert 1 RNA wird nicht direkt sequenziert Stattdessen wird sie mittels Reverser Transkriptase in eine DNA cDNA kopiert die dann sequenziert wird 2 Statistische Analyse BearbeitenDargestellt als Symbolfolge lassen sich Basensequenzen von DNA oder RNA gut untersuchen Statistische Untersuchungen konnen beispielsweise die Haufigkeit sogenannter n Tupel in der Sequenz vergleichen also das Vorkommen von Teilfolgen der Lange n So taucht im menschlichen Genom zum Beispiel die Folge CG bzw das Tupel C G insgesamt deutlich seltener als eines der anderen funfzehn 2 Tupel auf CG Suppression Lokale und regionale Haufigkeitsverteilungen verschiedener Nukleotidfolgen konnen auch erste Hinweise auf eventuelle Funktionen bestimmter DNA Abschnitte geben So wird bei CG beispielsweise nach Haufungen der CpG Dinukleotide im DNA Strang gesucht den sogenannten CpG Inseln und deren Methylierungsmuster untersucht In diesem Fall wird ein aus zwei Basen geformtes Sequenzmotiv gesucht Nach Drei Basen Sequenzmotiven wird gesucht wenn mogliche Startcodons oder Stopcodons dargestellt werden sollen Beispiele fur etwas langere Sequenzen sind die moglichen Bindungsstellen fur Ribosomen wie die Shine Dalgarno Sequenz bei prokaryoten oder die Kozak Sequenz bei eukaryoten Lebewesen Bestimmte Nukleotidsequenzen spielen auch fur den Terminator der Transkription eine wichtige Rolle wie ebenso fur den Startpunkt an dem eine RNA Polymerase mit der Transkription beginnt beispielsweise in der Promotorregion eines Gens die TATA Box Siehe auch BearbeitenPrimarstruktur SequenzalignmentWeblinks Bearbeiten Commons Nukleotidsequenz Sammlung von Bildern Videos und AudiodateienEinzelnachweise Bearbeiten D A Benson K Clark I Karsch Mizrachi D J Lipman J Ostell E W Sayers GenBank In Nucleic acids research Band 43 Januar 2015 S D30 D35 doi 10 1093 nar gku1216 PMID 25414350 PMC 4383990 freier Volltext F Ozsolak P M Milos RNA sequencing advances challenges and opportunities In Nature Reviews Genetics Band 12 Nr 2 Februar 2011 S 87 98 doi 10 1038 nrg2934 PMID 21191423 PMC 3031867 freier Volltext Abgerufen von https de wikipedia org w index php title Nukleotidsequenz amp oldid 212381114, wikipedia, wiki, deutsches

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