fbpx
Wikipedia

Gene Ontology

Gene Ontology (GO) ist eine internationale Bioinformatik-Initiative zur Vereinheitlichung eines Teils des Vokabulars der Biowissenschaften. Resultat ist die gleichnamige Ontologie-Datenbank, die inzwischen weltweit von vielen biologischen Datenbanken verwendet und ständig weiterentwickelt wird. Weitere Bemühungen sind die Zuordnung von GO-Termini (Annotation) zu einzelnen Genen und ihren Proteinen sowie die Bereitstellung entsprechender Software zur Verwendung der Ontologie.

Die an GO teilnehmenden Institutionen sind in der Mehrzahl US-amerikanisch und werden von den Regierungen und einem Unternehmen (AstraZeneca) unterstützt. GO ist primär in Englisch und spezies-neutral gehalten und steht zur freien Verfügung. Sie ist Teil eines größeren Projekts, der Open Biomedical Ontologies.

Inhaltsverzeichnis

GO ist eine biomedizinische Ontologie, die drei Bereiche abdeckt: „Zelluläre Komponente“, „Biologischer Prozess“ und „Molekulare Funktion“. Jeder Terminus besteht aus einem Namen, einer Nummer und assoziierten Daten. Die Ontologie hat die Topologie eines gerichteten azyklischen Graphen.

Beispiel

Datenquelle:

Die Gene Ontology ist, wie andere Ontologien, ein Versuch, biologisches Wissen übersichtlich darzustellen. Eine solche Darstellung, zudem wenn sie Anspruch auf Optimalität erhebt, hätte neben einer Vereinheitlichung der Sprache viele Anwendungen, unter anderem im Verlags- und Bibliothekswesen. Hinzu kommt, dass durch die strukturierte Darstellung eine Verwendung in Software möglich ist, die so biologisches und klinisches Wissen benutzt, um Fragen zu beantworten und experimentelle Daten zu analysieren (Logisches Schließen, Data-Mining).

Die wichtigsten Hilfsmittel zum Durchsehen der GO-Einträge sind der Ontologieeditor OBO-edit und der Browser AmiGO, der als Webseite zur Verfügung steht. OBO-edit stellt außer der Präsentation der Ontology Werkzeuge zur Abfrage und zum Filtern der Ontologieinformation zur Verfügung.

Für die Analyse von Experimenten, die als Resultat eine große Menge an Werten enthalten, die jeweils einzelnen Genen zugeordnet sind, können verschiedene Zielsetzungen des Data-Mining mit jeweils unterschiedlichen Algorithmen, zusammen mit der vorgegebenen Gene Ontology, zu nichttrivialen Schlussfolgerungen aus dem Experiment führen. Beispielsweise werden Clusteranalyse-Algorithmen verwendet, um festzustellen, welche biologischen Prozesse hauptsächlich durch bestimmte Umweltgifte in Zellen verändert werden, indem man Resultate entsprechender Microarray-Experimente mithilfe der GO-Annotationen aller Gene des betroffenen Organismus analysiert.

  1. GO Consortium Contributors List. In: geneontology.org. Abgerufen am 8. Januar 2018 (englisch).
  2. The GO Consortium: gene_ontology.1_2.obo (OBO 1.2 flat file) 16. März 2009. Abgerufen am 16. März 2009.
  3. M. Ashburner, C. A. Ball u. a.: Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium. In: Nature genetics. Band 25, Nummer 1, Mai 2000, S. 25–29. doi:10.1038/75556. PMID 10802651. PMC 3037419 (freier Volltext).
  4. GO Consortium: The Gene Ontology in 2010: extensions and refinements. In: Nucleic Acids Research. 38, 2009, S. D331–D335, doi:10.1093/nar/gkp1018.
  5. J. Day-Richter, M. A. Harris u. a.: OBO-Edit–an ontology editor for biologists. In: Bioinformatics. Band 23, Nummer 16, August 2007, S. 2198–2200,ISSN 1367-4811. doi:10.1093/bioinformatics/btm112. PMID 17545183.
  6. P. Pavlidis, J. Qin u. a.: Using the gene ontology for microarray data mining: a comparison of methods and application to age effects in human prefrontal cortex. In: Neurochemical research. Band 29, Nummer 6, Juni 2004, S. 1213–1222,ISSN 0364-3190. PMID 15176478.

Gene Ontology
gene, ontology, internationale, bioinformatik, initiative, vereinheitlichung, eines, teils, vokabulars, biowissenschaften, sprache, beobachten, bearbeiten, eine, internationale, bioinformatik, initiative, vereinheitlichung, eines, teils, vokabulars, biowissens. Gene Ontology internationale Bioinformatik Initiative zur Vereinheitlichung eines Teils des Vokabulars der Biowissenschaften Sprache Beobachten Bearbeiten Gene Ontology GO ist eine internationale Bioinformatik Initiative zur Vereinheitlichung eines Teils des Vokabulars der Biowissenschaften Resultat ist die gleichnamige Ontologie Datenbank die inzwischen weltweit von vielen biologischen Datenbanken verwendet und standig weiterentwickelt wird Weitere Bemuhungen sind die Zuordnung von GO Termini Annotation zu einzelnen Genen und ihren Proteinen sowie die Bereitstellung entsprechender Software zur Verwendung der Ontologie Die an GO teilnehmenden Institutionen sind in der Mehrzahl US amerikanisch und werden von den Regierungen und einem Unternehmen AstraZeneca unterstutzt 1 GO ist primar in Englisch und spezies neutral gehalten und steht zur freien Verfugung Sie ist Teil eines grosseren Projekts der Open Biomedical Ontologies Inhaltsverzeichnis 1 Datenbank und Termini 1 1 Beispiel 2 Anwendungen 3 Siehe auch 4 Weblinks 5 EinzelnachweiseDatenbank und Termini BearbeitenGO ist eine biomedizinische Ontologie die drei Bereiche abdeckt Zellulare Komponente Biologischer Prozess und Molekulare Funktion Jeder Terminus besteht aus einem Namen einer Nummer und assoziierten Daten Die Ontologie hat die Topologie eines gerichteten azyklischen Graphen Beispiel Bearbeiten id GO 0000016 name lactase activity namespace molecular function def Catalysis of the reaction lactose H2O D glucose D galactose EC 3 2 1 108 synonym lactase phlorizin hydrolase activity BROAD EC 3 2 1 108 synonym lactose galactohydrolase activity EXACT EC 3 2 1 108 xref EC 3 2 1 108 xref MetaCyc LACTASE RXN xref Reactome 20536 is a GO 0004553 hydrolase activity hydrolyzing O glycosyl compounds Datenquelle 2 Anwendungen BearbeitenDie Gene Ontology ist wie andere Ontologien ein Versuch biologisches Wissen ubersichtlich darzustellen Eine solche Darstellung zudem wenn sie Anspruch auf Optimalitat erhebt hatte neben einer Vereinheitlichung der Sprache viele Anwendungen unter anderem im Verlags und Bibliothekswesen Hinzu kommt dass durch die strukturierte Darstellung eine Verwendung in Software moglich ist die so biologisches und klinisches Wissen benutzt um Fragen zu beantworten und experimentelle Daten zu analysieren Logisches Schliessen Data Mining 3 4 Die wichtigsten Hilfsmittel zum Durchsehen der GO Eintrage sind der Ontologieeditor OBO edit und der Browser AmiGO der als Webseite zur Verfugung steht OBO edit stellt ausser der Prasentation der Ontology Werkzeuge zur Abfrage und zum Filtern der Ontologieinformation zur Verfugung 5 Fur die Analyse von Experimenten die als Resultat eine grosse Menge an Werten enthalten die jeweils einzelnen Genen zugeordnet sind konnen verschiedene Zielsetzungen des Data Mining mit jeweils unterschiedlichen Algorithmen zusammen mit der vorgegebenen Gene Ontology zu nichttrivialen Schlussfolgerungen aus dem Experiment fuhren Beispielsweise werden Clusteranalyse Algorithmen verwendet um festzustellen welche biologischen Prozesse hauptsachlich durch bestimmte Umweltgifte in Zellen verandert werden indem man Resultate entsprechender Microarray Experimente mithilfe der GO Annotationen aller Gene des betroffenen Organismus analysiert 6 Siehe auch BearbeitenGoPubMedWeblinks BearbeitenGene Ontology Consortium AmiGO browser GONUTS Wiki Third party GO Term Dokumentation OBO Foundry library Semantic Systems BiologyEinzelnachweise Bearbeiten GO Consortium Contributors List In geneontology org Abgerufen am 8 Januar 2018 englisch The GO Consortium gene ontology 1 2 obo OBO 1 2 flat file 16 Marz 2009 Abgerufen am 16 Marz 2009 M Ashburner C A Ball u a Gene ontology tool for the unification of biology The Gene Ontology Consortium In Nature genetics Band 25 Nummer 1 Mai 2000 S 25 29 doi 10 1038 75556 PMID 10802651 PMC 3037419 freier Volltext GO Consortium The Gene Ontology in 2010 extensions and refinements In Nucleic Acids Research 38 2009 S D331 D335 doi 10 1093 nar gkp1018 J Day Richter M A Harris u a OBO Edit an ontology editor for biologists In Bioinformatics Band 23 Nummer 16 August 2007 S 2198 2200 ISSN 1367 4811 doi 10 1093 bioinformatics btm112 PMID 17545183 P Pavlidis J Qin u a Using the gene ontology for microarray data mining a comparison of methods and application to age effects in human prefrontal cortex In Neurochemical research Band 29 Nummer 6 Juni 2004 S 1213 1222 ISSN 0364 3190 PMID 15176478 Abgerufen von https de wikipedia org w index php title Gene Ontology amp oldid 216370231, wikipedia, wiki, deutsches

deutschland

buch, bücher, bibliothek

artikel

lesen, herunterladen

kostenlos

kostenloser herunterladen, MP3, Video, MP4, 3GP, JPG, JPEG, GIF, PNG, Bild, Musik, Lied, Film, Buch, Spiel, Spiele